La programmazione neurolinguistica è sempre oggetto di critiche. Spesso viene descritta come tecnica manipolativa, non da ultimo perché sette come Scientology si servono di tali metodi.
Un problema centrale, tuttavia, è la sopravvalutazione della sua efficacia da parte degli utenti, che talvolta porta a considerare la PNL come poco seria. Nel corso dei decenni, la PNL ha avuto un’evoluzione pressoché indipendente. Esistono ormai innumerevoli pubblicazioni in cui praticamente ogni autore apporta le proprie idee e i propri punti di vista. L’utilizzo degli strumenti e la rappresentazione dei modelli avviene spesso a loro discrezione.
I dilettanti che si sono avvalsi di determinati metodi potrebbero essere tentati dall’utilizzarli nelle terapie curative. Tuttavia, ciò potrebbe avere delle conseguenze pericolose, soprattutto in combinazione con l’induzione della trance, il trattamento dei traumi o la terapia di gruppo, in caso di utilizzo scorretto dei metodi. Una formazione professionale che punti alla consapevolezza del rischio e insegni un uso corretto dovrebbe quindi essere una priorità assoluta.