Tra la contabilità ordinaria e quella semplificata vi sono delle differenze relative ai soggetti che possono basarsi su questo regime, sui registri obbligatori e sulla determinazione del reddito. La prima precisazione importante da fare è che tutti possono servirsi della contabilità ordinaria e risulta anzi obbligatorio per le società di capitali, che non rientrano nel regime di contabilità semplificata e ne superano i limiti imposti.
Nel paragrafo precedente abbiamo notato come nella contabilità semplificata si possa fare ricorso ai registri IVA acquisti, registri IVA vendite, ai registri degli incassi e dei pagamenti oppure sui registri IVA integrati, oltre che i registri obbligatori per l’IVA. Al contrario nella contabilità ordinaria, sono richiesti il libro giornale, il libro inventari, il libro mastro, registro IVA acquisti, registro IVA vendite e molti altri.
Infine, il reddito di questi due tipi di contabilità viene ora determinato diversamente: nella contabilità ordinaria ci si basa ancora sul principio di competenza, mentre a partire dal 2017 nella contabilità semplificata il criterio applicato è quello di cassa, da cui ne deriva anche il nome di contabilità semplificata per cassa.