Quest’ultimo vantaggio rappresenta tuttavia anche uno degli svantaggi di questo metodo. Le rimanenze vengono controllate in due momenti nel corso dell’esercizio: alla chiusura dei conti e alla loro apertura. Le rimanenze dei prodotti rilevate al 31 dicembre saranno quindi vendute successivamente, per cui i relativi costi che l’azienda ha sostenuto non verranno considerati di competenza di quell’anno ma di quello successivo, quando saranno determinati anche i ricavi di quei prodotti.
Un ulteriore svantaggio è che i dati relativi alle rimanenze e alle vendite vengono uniti per tutti i gruppi di prodotti e riportati in un’unica voce. In questo modo si registra solo il successo o il fallimento imprenditoriale generale, il che non consente di trarre conclusioni sulla redditività di prodotti o linee di prodotti singoli. Ciò è particolarmente problematico per le grandi aziende che hanno un gran numero di prodotti diversi. Per poterne valutare in dettaglio il successo, è necessario applicare ulteriori procedure aziendali e calcoli. In questi casi, il conto economico, che in realtà deve fornire una solida base per la pianificazione aziendale, ha mancato il suo obiettivo.
Il metodo dei costi per natura si presta comunque per le piccole e medie imprese che hanno una gamma di prodotti più gestibile, perché per loro prevale il vantaggio di una gestione e un calcolo relativamente semplici.