Nessun aiuto per la definizione delle priorità: in Getting Things Done, le priorità rivestono un ruolo di secondo piano. Il sistema ha come scopo primario quello di garantire che nulla venga dimenticato e che il tempo libero possa essere utilizzato in modo produttivo. Chi, invece, vuole avere la certezza di stabilire le giuste priorità, deve integrare il metodo con altre tecniche – per esempio la matrice di Eisenhower.
Nessuna organizzazione settimanale o giornaliera: Getting Things Done non offre nemmeno programmi settimanali o giornalieri ottimizzati. Chi incontra difficoltà a definire gli obiettivi, a mettere in fila le attività da svolgere e ad organizzare la propria giornata in modo efficiente, non trova nel metodo GTD quasi alcun supporto. Per la programmazione della giornata è più utile per esempio il metodo ALPEN.
Implementazione complessa: Getting Things Done non si comprende in cinque minuti, tantomeno si mette in pratica in un pomeriggio. Per poter utilizzare il sistema in modo vantaggioso, è necessario averlo compreso fin nel minimo dettaglio e applicarlo in modo sistematico. In altre parole: tutto o niente. Se, per esempio, si tralasciano le retrospettive settimanali o non si esegue la suddivisione delle liste dei compiti in liste contestuali, risulta impossibile raggiungere i risultati auspicati.
Tante (troppe) abitudini da modificare: per potersi avvalere del metodo GTD, è necessario accettare il fatto di dover modificare numerose abitudini in breve tempo. Il metodo obbliga infatti a svuotare regolarmente i contenitori di raccolta e a programmare la verifica delle liste dei progetti e delle attività in attesa; inoltre, richiede di tenere delle liste contestuali, il cui utilizzo richiede un certo allenamento.
Questo è in sostanza l’aspetto maggiormente criticato di Getting Things Done: tutti questi cambiamenti determinano un carico eccessivo per l’utilizzatore. Chi ha difficoltà a fare proprie nuove abitudini, dovrebbe pertanto orientarsi verso un’altra tecnica organizzativa che meglio si adatta alla sua personalità.