In pratica la Continuous Integration funziona in questo modo: uno sviluppatore ha il compito di sviluppare una determinata funzione. Prima che cominci il lavoro di programmazione, deve scaricare la versione attuale del codice completo dell'applicazione, la cosiddetta mainline. Lo sviluppatore potrà ora lavorare su questa versione (chiamata anche Working Copy), che ha scaricato sul suo computer personale. Una volta terminato il suo lavoro, deve testare il programma, risolvere eventuali errori e caricare la nuova versione sulla mainline.
Bisogna ricordare, tuttavia, che lo sviluppatore non lavora da solo sul programma. Mentre lui ha apportato le sue modifiche, molto probabilmente i suoi colleghi avranno svolto altri compiti, quindi ciascun sviluppatore del team possiede una versione differente sul proprio computer. Anche la versione della mainline sarà sicuramente cambiata nel frattempo, fatto che costringe il programmatore a integrare tutte le modifiche innanzitutto nella sua Working Copy. Se a questo punto emerge un errore, dovrà risolverlo.
Solo allora il programmatore potrà aggiungere le sue modifiche alla mainline e testare nuovamente il programma. Se non emergono altri errori, che possono presentarsi nel caso in cui non abbia aggiornato correttamente la sua Working Copy, la procedura è conclusa e lo sviluppatore può dedicarsi al compito successivo.