La comunicazione tramite CTAP segue uno schema specifico. In primo luogo, il browser (o un altro software responsabile) si collega all'autenticatore e gli richiede le informazioni. Il sistema determina quale opzione di autenticazione offre il dispositivo esterno. Sulla base di queste informazioni, il sistema può quindi inviare un comando all'autenticatore, che invia quindi una risposta o un messaggio di errore se il comando non corrisponde alle opzioni presenti nel dispositivo.
Con questo metodo, i dati di autenticazione, ad esempio l'impronta digitale, non lasciano mai l'area di accesso dell'utente. I dati sensibili rimangono nel sistema. Il browser invia tramite WebAuthn solo la conferma che l'accesso è legale. Questa trasmissione funziona a propria volta attraverso una procedura a chiave pubblica. Non sono quindi possibili attacchi man in the middle. Anche gli attacchi di phishing diventano inutili con CTAP, WebAuthn e FIDO2: se gli utenti non devono più fornire password e nomi utente, non possono essere neanche vittime di tentativi di frode.