Comunicazione, pubblicità, distribuzione e vendite sono gestite attraverso diversi canali invece di uno solo, il che è associato a una logistica più complessa e a costi di gestione più elevati. Se i diversi canali non sono presentati in un'immagine aziendale omogenea, i potenziali clienti potrebbero essere irritati e non riconoscere più l’appartenenza di prodotti e servizi offerti alla stessa azienda.
Un ulteriore svantaggio della multicanalità è che i singoli canali di vendita esistono l'uno accanto all'altro, ma non sono collegati tra loro in termini organizzativi e informatici. L’impossibilità di cambiare a piacimento tra i canali preferiti all'interno della stessa transazione (ad esempio con il pratico Clic and Collect) può quindi risultare poco attraente per alcuni consumatori e indurli a passare a un concorrente che offre un'esperienza di acquisto più funzionale e piacevole (cfr. Cross- e Omnichannel Marketin, più sotto).
Inoltre c'è il tema di discussione della cannibalizzazione. Un esempio: i consumatori sottoscrivono contratti DSL via telefono, online o in una filiale del fornitore. In una strategia multicanale ciascuno di questi canali è gestito separatamente. Ad esempio, i consulenti che lavorano a diretto contatto con i clienti non beneficiano direttamente se un potenziale cliente ottiene una consulenza in loco e poi conclude il contratto tramite la homepage dell'azienda. In questo caso si tratterebbe di un effetto di cannibalizzazione: il passaggio delle vendite effettive, in parte o addirittura del tutto, da un canale all'altro. Molti proprietari di negozi, ad esempio, temono una migrazione dei clienti dal commercio offline a quello online. Tuttavia le cifre non confermano del tutto questo scenario.
Alcuni studi disegnano addirittura il quadro opposto, dove i consumatori utilizzerebbero Internet come fonte di ricerca, ma preferirebbero comunque acquistare sul posto, quello che gli esperti chiamano "effetto ROPO".